特种女兵布伦纳·贝克和伴侣迪伦在亚拉巴马州的荒山野林里徒步旅行，误入黑帮毒贩的老巢。迪伦被残忍杀害，布伦纳有幸逃生。这群残暴的毒贩没有想到的是，布伦纳作为美国陆军第75游骑兵部队的第一中尉，誓让他们所有人血债血偿。

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……