工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的

该动画讲述了执行官狡噛慎也在与监视官常守朱、同事征陆智己、縢秀星、六合冢弥生的合作下，制服了一个又一个险恶的犯罪分子，但狡噛慎也在执行任务的同时，对全靠数据说话的系统产生了怀疑的故事。