1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，

纽约探员尼克（迈克尔•道格拉斯 Michael Douglas 饰）是个桀骜不驯的离异男子，他最近因渎职嫌疑被风纪部门调查。某日尼克与搭档文森（安迪•加西亚 Andy Garcia 饰）在一家餐厅中偶然遇到日本黑帮的内部火并，二人虽将主犯佐藤（松田优作 饰）捕获，但佐藤抢到的神秘块状物却不翼而飞。日