某晚，供职于普林斯顿大学的太空微生物学教授海伦•本森（Jennifer Connelly 饰）被警察和几名神秘人物带走，与她一同前往新泽西林伍德军校的还有业界内无数顶尖科学家。原来，NASA在探测外太空时发现有一不明物体正飞速接近地球。不久，一个闪耀着白色光芒的物体莅临曼哈顿上空，并降落在纽约公园中

杰森·伯恩事件引起连锁反应，踏脚石（Treadstone）计划以及CIA用药物控制强化特工的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依靠蓝绿药丸执行各种绝密任务